Truite de souche

Une truite de souche, c'est quoi?

Nous autres pêcheurs parlons souvent de truites de souches, qui d'entre nous n'a pas déjà dit préférer une vraie truite de souche plutôt qu'une bassine ?

Mais finalement savons-nous vraiment ce qu'est une truite de souche ?  

Qu'est-ce qu'une souche ?  

En biologie une souche désigne une lignée génétiquement uniforme mais ce terme n'a pas de réelle existence en taxonomie. Une souche est donc un concept différent de celui de l'espèce.

Sachant que le croisement de différentes souches remplit ces conditions, on peut affirmer que les souches appartiennent à une seule et même espèce et sont donc équivalentes aux variétés du monde végétal.

Proximité et variété génétique  

Pour comprendre ce qu'est vraiment une souche, nous devons nous intéresser à l'origine de ces proximités génétiques au sein des populations de truites et surtout savoir pourquoi tous les individus de cette espèce n'ont pas le même génome.  

Variété

Les espèces sont en permanence soumises à des mutations qui peuvent avoir différentes conséquences. Dans la majorité des cas, elles vont conduire à la mort de l'individu car la séquence d'ADN perdra sa signification et la protéine produite ne remplira plus sa fonction.


Parfois ces mutations n'auront aucun effet et seront dites silencieuses mais occasionnellement, la modification va faire apparaître une protéine nouvelle.

Ceci est vrai pour la truite fario mais aussi pour toutes les espèces de la planète, en effet, au sein de chaque espèce, il existe une variété génétique qui se traduit par l'existence de différentes versions des gènes, nommées allèles qui sont la base de la variété génétique.

Proximité

Sachant que les mutations sont une source permanente de diversité génétique, il semble peu logique qu'il existe une uniformité des individus comme nous le disions précédemment.

Cependant, il faut savoir que toutes les modifications du génome ne sont pas conservées par les individus au fil des générations. En effet, les allèles que portent une truite vont influer sur son développement, sa résistance aux pathogènes et sur la qualité de sa reproduction. Tout ces éléments se retrouvent dans un concept scientifique nommé Fitness qui définit la capacité d'un individu d'un certain génotype à se reproduire. Ce qui veut dire que certains allèles vont présenter un avantage sélectif permettant à la truite qui les porte de mieux se reproduire (quantité et qualité).

Ce principe s'appelle la sélection naturelle qui, comme son nom l'indique, va sélectionner les individus les mieux adaptés au milieu dans lequel ils vivent. Les poissons ayant une fitness supérieure vont donc se reproduire plus efficacement que les autres et leurs descendants représenteront une proportion plus importante, ce qui amène au fil des génération à la fixation d'un caractère et donc à une uniformité des membres de la population d'un milieu donné.

Différentes échelles de souche

Les caractéristiques des poissons dépendront donc du milieu dans lequel ils vivent mais aussi de l'isolement géographique de la population car celui-ci empêche la dissémination des allèles.
En France, nous pouvons déterminer une certains nombre de souches qui sera dépendant de l'échelle à laquelle nous nous plaçons.
Dans un premier temps, on peut définir deux ensembles basés sur le découpage géographique des deux grands bassins versants français, que l'on nomme Rameau Evolutif Atlantique (REA) et Rameau Evolutif Méditerranéen (REM) ou plus simplement « truites atlantiques » ou « truites méditerranéennes ».
Cependant ces ensembles sont si grands qu'il est difficile de les considérer comme uniformes d'un point de vu génétique, c'est pourquoi je préfère utiliser le terme de rameau évolutif que de souche. En effet, un rameau évolutif définit une certaine unité mais qui est basée sur une histoire évolutive, c'est à dire que les truites faisant parti du REM partagent un ancêtre commun provenant possiblement de la mer méditerranée.
Ces truites, qui étaient forcément différentes de celles d'aujourd'hui, se sont donc implantées dans tout le réseau hydrographique et la sélection naturelle a fait son œuvre. On peut donc actuellement définir des souches pour chaque bassin versant voire pour chaque cours d'eau, en fonction du seuil de proximité génétique que l'on défini.

Souche et robe

Pour différencier les souches, nous autres pêcheurs nous basons souvent sur « la robe » de la truite qui correspond au phénotype macroscopique mais est-ce un bon indicateur ?
Oui et non !
Dans un certain sens, le phénotype étant dépendant du génotype, il semble logique qu'il puisse nous renseigner sur la souche de la truite. Cependant, les gènes codant pour les caractéristiques externes (pigmentation, morphologie etc...) ne représentent qu'une faible proportion de l'ensemble du génome et ne sont pas forcément significatifs. Se baser sur la robe d'une truite revient donc à essayer de deviner la marque d'une voiture en ne regardant que la couleur de la carrosserie.
De plus, les gènes n'ont pas un déterminisme absolu sur le phénotype macroscopique, en effet, l'environnement peut directement influer sur l'expression des protéines et induire une modification du phénotype sans modification du génotype.
Ensuite, même si un gène code pur une protéine, il y a ne nombreux caractères observables qui dépendent d'une cascade de gènes ce qui rend difficile la corrélation entre robe et génome.

tableau génotype truite
niveaux phénotypiques

Lexique :

Taxonomie : est une science qui a pour objet de décrire les organismes vivants et de les regrouper en entités appelées taxons afin de les identifier puis les nommer et enfin les classer en se basant sur l'histoire évolutive des espèces.


Espèce : ensemble d'êtres vivants semblables pouvant donner une descendance féconde.


Génome : Ensemble des gènes d'un être vivant


Mutations : modification aléatoire de la séquence d'ADN


Allèles : version d'un gène


Fitness : La valeur sélective (succès reproducteur, valeur adaptative ou fitness en reprenant le nom anglais) est un concept central en théorie de l'évolution. Elle décrit la capacité d'un individu d'un certain génotype à se reproduire. C'est une mesure de la sélection naturelle.


Génotype : Ensemble de l information génétique d un organisme.


Sélection naturelle : c'est l'un des mécanismes qui causent l'évolution des espèces. Ce mécanisme est particulièrement important du fait qu'il explique l'adaptation des espèces aux milieux au fil des générations.


Phénotype : Ensemble des caractères observables d'un individu. Le phénotype correspond à la réalisation du génotype (expression des gènes) mais aussi des effets du milieu, de l'environnement.

Yohan Naille.